A Miskolci Egyetem Levéltára a 275-ik életévét ünneplő könyvtár egyik legfiatalabb intézménye, mely 1982. július 1-ei hatállyal kezdte meg működését, mint a könyvtár önálló szervezeti egysége. A magyarországi egyetemi levéltárak közül elsőként kapva meg a szaklevéltár minősítést. Alapvető feladatkörébe az egyetem és a jogelőd intézmények (Berg Schola, Academia Montanistika, Berg- und Forstakademie, Bányászati és Erdészeti Akadémia, Bányászati és Erdészeti Főiskola) levéltári, központi irattári és egyetemtörténeti anyagának őrzése és kezelése tartozott, illetve többek közt ezeket a tevékenységeket végzi máig is, továbbá feltárja az egyetem és jogelőd intézményeinek működése során keletkezett történeti értékű iratokat, gyűjti és feltárja az egyetem történetével kapcsolatos egyéb történeti értékű iratanyagot, és a nem könyvjellegű írásos dokumentumokat. Gyűjti továbbá a műszaki felsőoktatás, az ipar és műszaki tudomány kiemelkedő teljesítményeinek írásos dokumentumait, valamint az Alma Mater-ben egykor kiképzett szakemberek életére és működésére vonatkozó írásos dokumentumokat. Az Egyetemi Levéltár - az országos jogszabályok rendelkezéseinek keretei között - ellátja az egyetemi szervezeti egységek (iratképző helyek) iratkezelésének ellenőrzését is.

A Miskolci Egyetem Levéltárára, illetve magára az irattárra, iratkezelésre már a hatvanas évektől égető szükségét érezte az egyetemi vezetés. Az 1971-es egyetemi iratkezelési szabályzat azzal a céllal került kiadásra, hogy ezzel egyidejűleg Központi Irattárat létesít az egyetem, amelynek az egyes szervezeti egységek háromévenként átadják az iratokat további selejtezésig történő megőrzésre. Az irattár a Központi Könyvtár raktári részében került volna kialakításra, de létrehozása a kezelését végző megfelelő személy hiányában elmaradt. 1980-ban az egyetem rektori hivatalának vezetője igyekezett pótolni ezt a hiányosságot, ezért az egyetem rektora felé felterjesztést nyújtott be, Központi Irattár létesítése céljából, s az iratok kezelését egy számvitelben jártas szakemberre bízta volna. A rektori utasítás hamarosan meg is született, bár a könyvtár igazgatója 1981-ben javasolja az irattár helyett a könyvtár szervezetén belül működő levéltár alapítását. A levéltár munkájával segítené az egyetem és jogelőd intézményeinek kutatómunkáját, illetve megoldaná a Központi Irattár problémakörét is. Ezzel egyidejűleg a könyvtár igazgatója megküldte a rektornak a levéltár létesítésének tervezetét, melyben közli, hogy szervezeti jogállásában a létesítendő "szaklevéltár" a Központi Könyvtár szervezeti keretében önálló egységet alkotna, a levéltár élén az osztályvezető, vagy az igazgatóhelyettes állna, közvetett felügyeletét a rektor, közvetlenül pedig a könyvtár igazgatója látná el.

A levéltár megalakulásával az erre vonatkozó törvények szellemében a Miskolci Egyetem fenntartása alatt áll, mint a Központi Könyvtár osztály jogkörű szervezeti egysége. Mindemellett a levéltár felügyeleti szerve a rektor, aki a levéltár felügyeletét a központi könyvtár mindenkori igazgatója útján látja el, ugyanakkor a levéltár szakmai felügyeleti hatósága a Művelődési Minisztérium. Ezt a figyelemreméltó és gyakran komoly, a levéltár számára elvi és funkcionális problémákat is felvető kettőséget a 2005. évi CXXXIX. törvény a felsőoktatásról sem tudta teljes mértékben megoldani, mivel kimondja, hogy a "felsőoktatási intézmény könyvtára, könyvtári rendszere szakirodalmi, információs, oktatási és kutatási feladatokat ellátó nyilvános tudományos közgyűjtemény, amely könyvtári feladatokon túl levéltári és múzeumi funkciót is elláthat." Az említett törvény nem szabályozza a közvetlen felügyelő (könyvtárigazgató) felügyeleti jogkörét.

A jogi problémák mellett, illetve a létesítéssel járó körülményes és gyakran elhúzódó ügyvitelt megnehezítette az a tény is, hogy a könyvtári raktár a levéltár megalapításakor nem rendelkezett olyan eszközökkel, melyek lehetővé tették volna a szakszerű megőrzését az iratoknak, így szabványos polcrendszerrel sem, melyeken az iratokat tárolni tudta volna. Az új Dexion-Salgó polcrendszer egy évvel később 1983-ban került beszerelésre.

A Miskolci Egyetem Levéltárának alapításával egyidejűleg a soproni Erdészeti és Faipari Egyetemen is levéltárat alapítottak. Mindkét levéltárnak, mint a Selmecbányai Akadémia jogi utódintézményeinek a célja, hogy a közös elődintézmény iratanyagát (főképp a 19. századit) őrizzék, gyűjtsék és a kutatók számára elérhetővé tegyék. A Selmecbányai Akadémia történetére vonatkozó eredeti dokumentumok 1846-tól kutathatók, mivel ettől kezdve válik az akadémia önálló intézménnyé, a korábbi évek iratkezelése a főkamaragrófi hivatal hatáskörébe tartozott, ezek az iratok máig is a selmecbányai szlovák Állami Központi Bányászati Levéltárban találhatóak. Az első világháború utáni időszakban az áttelepülés következményeként súlyosan károsodott az iktatott iratanyag, az 1896 előtti iktatott iratok nagy része megsemmisült. A főkönyvek és a tanácsülési jegyzőkönyvek, államvizsga és szigorlati jegyzőkönyvek képeztek, a főkönyvek az 1840-es évek elejétől, utóbbiak 1873-tól maradtak fenn, illetve kerültek a Soproni Városi Levéltár állományába. A levéltár az akadémia iratanyagát többszöri kérésre 1986. március 4.-én adta át a két utódintézmény levéltárvezetőinek. A két levéltár már alapításakor megegyezett a 16 folyóméternyi anyag megosztásáról, mely szerint Miskolcra kerültek a tanácsülési jegyzőkönyvek (1873-1950), a közös főkönyvek régebbi állománya (1842-1861), valamint a nem közös, bányász-kohász főkönyvek, államvizsga jegyzőkönyvek és a tanszéki iratok. A soproni egyetemre került az iktatott iratanyag a mutatókkal, valamint a főkönyvek erdészeti része. Mindkét fél saját költségén xerox-másolatot készített a hozzákerült anyagról, s azt átadta a másik félnek.