Az akadémiára vonatkozó iratanyagok főleg a selmecbányai szlovák Állami Központi Bányászati Levéltárban találhatóak, magának a felügyeleti hatóságnak dokumentumait pedig a bécsi kamarai levéltárban (Hofkammerarchiv) találhatjuk meg. A Magyar Országos Levéltár kevés eredeti dokumentumot őriz az selmeci akadémiáról, bár a mikrofilmfelvételei e két levéltár anyagáról több millióra tehetők.

A levéltár, mint már szó esett róla a Központi Irattár feladatát is hivatott volt ellátni alapításakor. Az irattári feladatok közé tartozott az egyetem öt évnél régebbi iratanyagának kezelése és őrzése. 1983-ban elkezdődött az egyetem iratanyagának begyűjtése, mely 1985 végére fejeződött be. Az áthozott iratanyagot dobozolták, maga az anyag az iktató- és mutatókönyvek segítségével kutatható.

A levéltár a nyolcvanas évek közepére beilleszkedett a könyvtár szervezeti rendszerébe és megkezdődött a folyamatos egyetemi iratbegyűjtés. Az egyetem iratokon kívül az egykori professzorok hagyatékának anyaga is bekerült a gyűjteménybe, mégpedig ez ajándékozással vagy vásárlással (Kubacska Hugó selmeci professzor hagyatékának vásárlása 1987-ben) történt. Több alkalommal a levéltár szakmai segítségével került sor emlékkiállítások szervezésére (többek közt: Milasovszky Béla emlékkiállítás 1983, Az egyetem kitüntetéses doktorai, 1983; Szádeczky-Kardoss Elemér emlékkiállítás, 1986), ugyanakkor ismeretterjesztő előadásokat tartott az egyetem diákjai számára, mellyel nagyban hozzájárult az egyetemi hagyományok ápolásához.

A levéltár alkalmazottainak szakirodalmi munkássága is már a kezdetektől megjelent, köszönhető ez nagyrészt Zsámboki László levéltárvezető, később könyvtári főigazgató szakmai tevékenységének, aki nem csupán az egyetem-, bányászat- és kohászattörténetben, valamint a Selmeci Műemlékkönyvtár több ezer kötetének feldolgozásában alkotott maradandót, hanem a levéltárban folyó kutatások témavezetőjeként is tevékenyen részt vett az állomány egyes részeinek feldolgozásában és publikálásában. A nyolcvanas években folytatott kutatások közül a legjelentősebb a műszaki felsőoktatás története, a műszaki és természettudományos könyv- és könyvtártörténet a 18-19. században és az ásványi nyersanyagok történetének kutatása Magyarországon. A levéltár alapításakor a levéltár vezetőjén kívül Sivák István állt alkalmazásban levéltárosként, aki több konferencián és számos publikációban tette ismertté az újonnan alapított egyetemi levéltárat. Sivák István 1986-ig állt alkalmazásban, őt Gavallér Pál követte a levéltárosi székben, aki 2008-ig tevékenykedett a levéltárban. 1998-ban rendszerezte és segédletekkel látta el a levéltári állományt, a levéltár repertóriumának és fondtörzskönyvének összeállításával segítette a kutatás munkáját. A levéltári munka hatékonyabbá tételéért 1996-ban még két segédlevéltárost is alkalmazott az egyetem, Király Pétert és Szendi Attilát, mindketten 1998-ig segítették a levéltár munkáját, majd Szendi Attila 2001-ben tért vissza, mint főállású levéltáros és 2001-től levéltárvezetőként tevékenykedik, így a Történeti Gyűjtemények Osztályának vezetője is.

Az egyetemi levéltár jelenleg az egyetemi Könyvtár Történeti Gyűjtemények Osztályának felügyelete alá tartozik, élén az osztályvezető áll. A Történeti Gyűjtemények Osztálya nem új keletű képződmény a könyvtár szervezeti egységei közt, már 1963-ban megalapították a Különgyűjtemények Osztályát, feladatául pedig a Selmeci Műemlékkönyvtár gondozását, az egyetemtörténeti gyűjtemény fejlesztését, a tudománytörténeti gyűjtemény gondozását és a térképtár kezelését jelölték meg. 1987-ben került sor a Történeti Gyűjtemények szervezeti egységének létrehozására. A levéltár, a Selmeci Műemlékkönyvtár és az Egyetemi Múzeum is betagozódott a levéltár mellé és így együtt alkottak külön egységet a könyvtári szervezeten belül, amelynek élén a levéltárvezető állt. A Történeti Gyűjtemények Osztályának vezetője igazgatja a levéltáron kívül a Selmeci Műemlékkönyvtárat és az 1985-ben alapított Egyetemtörténeti Gyűjteményt (Egyetemi Múzeum) is. Mindhárom intézmény szervezetileg az osztály önálló része.

1990-ben az egyetem több megszűnt egységének az iratanyagát vette át a levéltár - a kazincbarcikai főiskolai kar mellett a megszűnt egyetemi MSZMP Bizottság iratanyagának jó része is bekerült a levéltári gyűjteménybe. A rendszerváltás után a városi szervek egyébként a Történeti Gyűjtemények Osztályát is megkeresték a város utcaneveinek átszervezése kapcsán, illetve tanácsot kértek az új utcanevek összeállításánál. Az 1990-es évek folyamán fokozatosan gyarapodott a levéltári iratanyag, ugyanakkor szakmai kutatások is folytak a levéltárban és 1998-ra elkészült a levéltár teljes repertóriuma. A Nehézipari Műszaki Egyetem Központi Könyvtár kiadványai című sorozat 1995-ben új címmel jelent meg - a Miskolci Egyetem könyvtár, levéltár és múzeum kiadványai, amelyben a könyvtár történetén kívül a levéltárban őrzött professzorok levéltári hagyatékának, személyi anyagának feldolgozásával jelentek meg megemlékezések az egykori oktatók évfordulóinak alkalmával. A nevezetesebb évfordulók alkalmával a levéltár a múzeummal közösen szervezett kiállításokkal népszerűsítette és mutatta be munkáját és a levéltárban őrzött iratainak, gyűjtőkörének egy részét. Ilyen emlékezetes kiállítás volt a 25 éves a Miskolci Egyetem Levéltára című kiállítás, amely 2007-ben nyílt meg. A Miskolci Egyetem Levéltára 2006-ban az 1956-os forradalom félszázados évfordulójának alkalmából Egyenes gerinccel - Forradalom a Dudujka-völgyben 1956 című egyetemi emlékkiállításban mutatta be az egyetem 1956-os dokumentumait, a diákok forradalmi tevékenységét és részvételét a városi és egyetemi eseményekben. A kiállítással egyidőben két kiadvány is született, a miskolci egyetem levéltárában őrzött 1956-os dokumentumok forráskiadványa, illetve az egykori forradalmi diákság egyes résztvevőinek dokumentumfilmen rögzített visszaemlékezése.