A levéltári anyag mellett azonban a - történeti értékek felkutatása során - nagy értékű muzeális anyagokhoz is sikerült hozzájutni az évek során (pl. professzori hagyatékok nem levéltári jellegű anyagai: oklevelek, leckekönyvek, kéziratok, jegyzetek, fényképek stb.). Az egyre gyarapodó muzeális értékű állománynak hivatalosan 1986. január 1-től lett önálló intézménye, amikortól is Egyetemtörténeti Gyűjtemény elnevezéssel múzeumi szakgyűjtemény működését engedélyezte a Művelődési Minisztérium. Vezetője Zsámboki László lett.

1987-ben az Egyetemi Tanács határozott a három gyűjtemény, a Selmeci Műemlékkönyvtár, az Egyetemi Levéltár és az Egyetemtörténeti Gyűjtemény (Egyetemi Múzeum) egy szervezeti egységbe rendezéséről Történeti Gyűjtemények Osztálya néven, amelynek vezetésével Zsámboki Lászlót bízták meg. Ez az újonnan létrehozott tagozódás azért lett furcsa képződmény, mert két olyan, a Művelődési Minisztérium által felügyelt intézményt, mint a levéltár és a múzeum egy harmadik gyűjteménnyel összevonva besoroltak egy felsőoktatási intézmény könyvtárának egyik osztályába. Az Egyetemi Múzeum a mai napig a Miskolci Egyetem Könyvtár, Levéltár, Múzeum Történeti Gyűjtemények Osztályának egyik intézményeként működik.

Az Egyetemtörténeti Gyűjtemény gyűjtőköre a Miskolci Egyetem és elődintézményei (selmecbányai Bányászati és Erdészeti Akadémia, soproni Bányamérnöki és Erdőmérnöki Főiskola, miskolci Nehézipari Műszaki Egyetem) történetére vonatkozó tárgyi és dokumentumanyag gyűjtésére terjed ki. Feladata azonban az egyetemtörténeti tárgy- és dokumentumanyag gyarapítása mellett annak feldolgozása és kutathatóvá tétele is. Az Egyetemi Múzeumnak is - mint minden múzeumnak - egyik alaptevékenysége a saját épületében működtetett állandó és időszaki kiállítások bemutatásának biztosítása egész évben a látogatók számára, tárlatvezetéssel. Másik alaptevékenysége az állomány kutatásának lehetővé tétele, a kutatók fogadása és kiszolgálása.

Egyetemtörténeti szakgyűjtemény lévén az intézmény egyik fő feladatának tekinti a diákhagyományok őrzését is a későbbi diáknemzedékek számára. Ezenkívül tevékenységi körébe tartozik állandó vagy időszaki kiállítások rendezése, történeti kutatások, tudományos kutatótevékenység végzése, kiadványok szerkesztése, publikálása, kapcsolattartás más gyűjteményekkel (különösen jó a kapcsolat már évtizedek óta a rudabányai Borsod-Abaúj-Zemplén Megyei Bányászattörténeti Múzeummal, a zalaegerszegi Magyar Olajipari Múzeummal és az Országos Műszaki Múzeum Kohászati Múzeumával), közös rendezvényeken, konferenciákon való részvétel, előadások tartása. Mindezekről a tevékenységekről éves statisztikai jelentésben köteles beszámolni felügyeleti szervének, az Oktatási és Kulturális Minisztériumnak.

A múzeum legelső gyűjteményei még a 60-as évek közepén beinduló egyetemtörténeti kutatások során jöttek létre, így az egyetemtörténeti cikkgyűjtemény is, amely az 1964-től folyamatosan végzett sajtófigyelés eredményeképpen állt össze. Hasonlóan régi az egyetem és jogelődei professzoraira, oktatóira vonatkozó dokumentumanyag- és fényképgyűjtemény.

A numizmatikai gyűjtemény 1979-től létezik. Mivel már a selmeci akadémián is oktattak pénzverészetet, és az akadémia könyvtárának állományában is helyet kapott a pénzverészeti szak, illetve az akadémián már a kezdetektől tanulmányi emlékéremben részesülhettek a legkiválóbb hallgatók, ezek hatására alakították ki a numizmatikai gyűjteményt. Elsősorban bányászati-kohászati emlékérmek, tanulmányi emlékérmek, a magyar pénzverészet 20. századi pénzérméi találhatók az igen gazdag gyűjteményi anyagban. Gyarapítása főképpen vásárlással történt, kisebb részben ajándékozás révén. Az utóbbi öt évben sajnos anyagi okokból a vásárlás teljesen leállt, csak az ajándékba kapott érmekkel gyarapodik az állomány.